Отцу хотелось, чтобы Цезарь получил специальность, которая позволила бы ему занять твердое положение в обществеНо вот подошло время выбора профессии. Отцу хотелось, чтобы Цезарь получил специальность, которая позволила бы ему занять твердое положение в обществе, а материальную независимость выходцу из небогатой семьи в то время могла дать военная служба. Вероятно, желание отца видеть сына обеспеченным человеком, не знающим нужды, и было одной из главных причин определения его в военное учебное заведение в Петербурге. Другой же причиной являлось немного тщеславное желание Антона Леонардовича видеть хоть одного из своих сыновей в ладно сидящей красивой военной форме, с которой у него самого было связано столько различных воспоминаний далекой молодости. К тому же старшие сыновья Александр и Наполеон уже учились в Петербурге, но… в Академии художеств.
Решение о военной карьере младшего сына было нелегким для отца: Цезарь не отличался ни крепким здоровьем, ни физической силой, был молчаливым, несколько замкнутым ребенком. В детстве, помимо музыки, он любил рисовать, причем ему лучше всего удавались рисунки пером. До тринадцатилетнего возраста воспитание и образование Цезаря проходило в семье, в гимназию его определили сразу в четвертый класс, причем в учебе особых успехов он не проявлял, пожалуй, за исключением тех предметов, где нужно было чертить и рисовать. Правда, мальчик владел не только русским и французским языками, но мог говорить и по-литовски, и по-польски. Гимназию Цезарь все же не окончил, так как нужно было ехать в Петербург, чтобы успеть подготовиться к поступлению в Главное инженерное училище.
Отъездом в Петербург завершилось детство Цезаря Кюи. Что ожидало его впереди? Как сложится жизнь в северной столице России? Будущее представлялось достаточно туманным и неопределенным. Но решение принято, и в 1850 году Цезарь уехал из родного Вильно в Петербург.
20 сентября 1851 года — важная дата в жизни Цезаря Кюи. В этот день 16-летний юноша стал кондуктором Главного инженерного училища в Петербурге. Основанное в 1819 году, это учебное заведение стало кузницей инженерных кадров для русской, а позднее и Советской Армии. В 1855 году училище было преобразовано в Николаевскую инженерную академию и училище, после победы Великой Октябрьской революции — в Военно-инженерную академию РККА, а в 1936 году — Военно-инженерную академию имени В. В. Куйбышева.
В разное время здесь учились выдающиеся военные инженеры. Среди них — один из организаторов героической обороны Севастополя во время Крымской войны генерал Э. И. Тотлебен, прославленный защитник Порт-Артура в период русско-японской войны генерал Р. И. Кондратенко, Герой Советского Союза, генерал-лейтенант Д. М. Карбышев. Воспитанниками училища были писатели Ф. М. Достоевский и Д. В. Григорович, физиолог И. М. Сеченов, ученый-электротехник Н. П. Яблочков.
Итак, Цезарь Кюи стал кондуктором, как тогда назывались воспитанники училища. С момента основания оно размещалось в Михайловском замке, названном позднее Инженерным, бывшей резиденции Павла I. Построенное в 1797—1800 годах по проекту В. И. Баженова и В. Ф. Бренны, здание представляет собой выдающийся образец русской архитектуры эпохи классицизма. Перед замком, со всех сторон окруженным прорытыми еще в павловское время каналами, установлен памятник Петру I, созданный скульптором Бартоломео Растрелли (отцом знаменитого зодчего Ф. Растрелли, автора проекта Зимнего дворца). Модель конного памятника (это был самый первый памятник императору), выполненная скульптором в 1719—1724 годах еще при жизни Петра I, лишь через 40 лет была отлита в бронзу и только в 1800 году установлена перед Михайловским замком.
Обращенный своим северным фасадом к Летнему саду Инженерный замок расположен почти в самом центре Петербурга, недалеко от Марсова поля — места военных парадов. В этом здании, сочетающем величавость и простоту, и было суждено в течение нескольких лет жить и учиться Цезарю Кюи.